Извлеките файлы из архива в отдельную папку. (В любое удобное вам место на вашем компьютере)
Запустите программу, кликнув 2 раза на иконку IndieStoneCompatChecker.exe.
Появится окно. Если у вас есть конфликтующие файлы, программа выдаст вам их список - т.е., вы сможете легко установить, какие файлы вам нужно удалить.